על סדר היום של הקונגרס היהודי העולמי עומדים מספר נושאים מרכזיים: התנגדות פעילה לכל צורה של אנטישמיות וגזענות; שימור זכר השואה למען הדורות הבאים ועשיית צדק עם קורבנות השואה ויורשיהם; תמיכה בישראל ומאבק בניסיונות הבלתי פוסקים לערער על הלגיטימיות שלה; התייצבות מול האיום שמציב המשטר האיראני הנוכחי; טיפוח קשרים בין-דתיים; קמפיינים למען עשיית צדק עם הפליטים היהודים יוצאי ארצות ערב ואיראן; והבטחת שלומן של קהילות יהודיות ברחבי העולם.
אנטישמיות
תופעת האנטישמיות עודנה מושרשת בדמוקרטיות רבות, למרות מאמצים רבים מצד ממשלות וארגונים לא ממשלתיים לבער אותה. נוסף לאנטישמיות "המסורתית" מתגלים ביטויים ותופעות חדשות של אנטישמיות ברחבי העולם, והם הולכות ומתרבות.
קהילות
תפקידו העיקרי של הקונגרס היהודי העולמי הוא לשמור על קשר קבוע עם כל הקהילות החברות בו ברחבי העולם, לתת מענה לצורכיהן הקהילתיים, התרבותיים, החינוכיים והדתיים הייחודיים, לאפשר קשרים בין הקהילות ולהעניק - במיוחד לקהילות הקטנות והמבודדות - את העזרה הדרושה להן, לפי בקשתן.
מורשת השואה
אף שחלפו שבעה עשורים מאז השואה, עדיין יש מדינות שטרם השיבו את הרכוש היהודי שנגזל לבעליו החוקיים. הקונגרס היהודי העולמי מגן על זכויותיהם של הקורבנות ושל יורשיהם. הוא גם פועל נגד כל ניסיון להכחיש את הפשע הגדול ביותר בתולדות המין האנושי או להמעיט בערכו.
דיאלוג בין-דתי
הקונגרס היהודי העולמי עמד לאורך השנים בחזית הדיאלוג בין שלוש הדתות המונותאיסטיות – היהדות, הנצרות והאסלאם. שיתוף פעולה בין-דתי יכול לתרום תרומה חשובה לשלום העולמי ולחיזוק ההבנה בין הקהילות בחברות השונות.
האיום האיראני
שאיפותיה הגרעיניות של איראן מאיימות על שכנותיה ועל העולם. איראן היא מדינת חסות מרכזית לטרור. מנהיגים איראניים והנשיא אחמדינג'אד בראשם, חוזרים ומטילים ספק בעובדות ההיסטוריות, מכחישים את השואה ומאיימים על מדינת ישראל.
תמיכה בישראל
ברחבי העולם מערערים באופן מתמיד על זכות קיומה של מדינת ישראל. הקונגרס היהודי העולמי והחברים בו מגנים באופן פעיל על הלגיטימיות של מדינת ישראל על כל המשתמע מכך וניצבים לצידה אל מול התקפות לא הוגנות ומוטות.
פליטים יהודים יוצאי ארצות ערב ואיראן
הסיפור הכואב של יהודים יוצאי ארצות ערב זכה להתעלמות למשך זמן רב על ידי הקהילה הבינלאומית. הפליטים אשר סבלו מאלימות ופרעות, גורשו מבתיהם ורכושם נגזל, לא זכו להכרה בינלאומית על הסבל הרב שהיה מנת חלקם. הגיעה העת להשיג צדק היסטורי ל-850,000 הפליטים היהודים מארצות ערב שאיבדו את בתיהם ורכושם ולהציע פתרון כולל לבעיית הפליטות משני צדי המתרס. הקונגרס היהודי העולמי מחויב לפעול בנושא זה עם ממשלות ועם ארגונים בינלאומיים.